Persona 3 Reload reprend le gameplay original de Persona 3, qui est l’autre point fort du jeu. Le jeu alterne entre deux phases principales : la simulation de vie et le combat. La simulation de vie se déroule pendant la journée, et permet au joueur de gérer son emploi du temps comme il le souhaite. Il peut ainsi aller en cours, faire des activités extrascolaires, se balader en ville, faire des petits boulots, ou encore passer du temps avec ses amis. Ces derniers sont représentés par des « Social Links », des liens sociaux qui se renforcent au fur et à mesure des interactions. Chaque Social Link correspond à une carte du tarot, qui symbolise un aspect de la personnalité du personnage. En augmentant ses Social Links, le joueur peut débloquer de nouveaux Personas, plus puissants et plus variés. Le joueur doit également veiller à ses statistiques personnelles, comme son courage, sa connaissance, ou sa charme, qui influencent ses possibilités d’action et ses relations.

Le combat se déroule pendant la nuit, et consiste à explorer le Tartarus, un donjon aléatoire qui se divise en plusieurs paliers. Le joueur peut y affronter des Shadows, des ennemis qui ont des faiblesses élémentaires. Le joueur peut utiliser son Persona, qui dispose de différentes compétences magiques ou physiques, pour attaquer les Shadows. Il peut également changer de Persona en cours de combat, ce qui lui permet d’adapter sa stratégie. Le joueur peut également invoquer son Persona en utilisant une arme spéciale, appelée « Evoker », qui ressemble à un pistolet. Le joueur doit alors se tirer une balle dans la tête, ce qui symbolise le fait de surmonter sa peur et de libérer son potentiel. Cette scène, assez choquante, est l’une des marques de fabrique du jeu. Le joueur peut également compter sur ses alliés, qui sont contrôlés par l’intelligence artificielle, ou par le joueur lui-même, selon son choix. Le joueur doit faire attention à la fatigue de ses personnages, qui peut les empêcher de combattre efficacement, ou même de tomber malades. Le joueur doit également respecter le cycle de la lune, qui influence la difficulté des combats et le déroulement du scénario.

Persona 3 Reload propose un gameplay addictif et varié, qui mélange habilement des éléments de RPG classique et de simulation de vie. Le jeu offre une grande liberté au joueur, qui peut personnaliser son personnage, ses Personas, et ses relations. Le jeu propose également un bon équilibre entre la difficulté et la progression, qui incite le joueur à se surpasser et à explorer toutes les possibilités. Le jeu bénéficie également d’une interface plus moderne et intuitive, qui facilite la navigation et la gestion des menus. Le jeu propose également plusieurs modes de difficulté, dont un mode facile pour les débutants, et un mode difficile pour les experts.